På gruppnivå är MAS en relativt sett frisk ras och inte speciellt drabbad av rasspecifika sjukdomar. Sedan rasen godkändes av Svenska kennelklubben 2017 har det blivit lättare att sammanställa och utvärdera hälsan hos våra hundar, men numerärt sett är det fortfarande en liten och ny ras i Sverige och arbete finns kvar att göra.
Som ett led i arbetet att hålla hälsan i rasen god, arbetar en grupp på uppdrag av SMASK styrelse som med att ta fram en RAS (rasspecifik avelsstrategi) för Miniature American Shepherd.
Även om det i antal hundar är få fall, är här några av de vanligare förekommande hälsoproblemen hos MAS.
| Klicka på länken för att läsa om: | Beskrivning |
| Höptledsdysplasi, HD | Felaktig utveckling av höftleden |
| Armbågsdysplasi ED | Onormal utveckling av armbågsleden |
| Patellaluxation | Knäskålen kan flyttas från sin normala position |
| Ögonsjukdomar | Avvikelser i ögats utveckling, CEA, CRD, Colobom och PRA |
| MRD1 | Genetisk överkänslighet för vissa läkemedel |
| Neurologisk sjukdom | Ger vinglig gång och okoordinerade rörelser |
| Epilepsi | Krampanfall |